A chaque fin de phase pluri-annuelle, le PIREN-Seine publie des rapports de synthèse, afin de rendre compte de l'ensemble des travaux des 4 années écoulées. Organisés en volumes thématiques, ces rapports offrent une vision globale et intégrée des études menées au sein du programme, et constituent des ouvrages de référence pour les scientifiques et les gestionnaires de l'eau du bassin de la Seine.