Le PIREN-Seine est soutenu depuis plus de 30 ans par de nombreuses institutions scientifiques, universités et écoles de premier plan, qui contribuent chaque année à travers leurs laboratoires, équipes et chercheurs. Au lancement de la phase 8 en 2020, ce sont 18 partenaires scientifiques qui se sont engagés dans le programme pluriannuel, emmenés par le CNRS et Sorbonne Université, les deux porteurs historiques et majeurs du PIREN-Seine.